הפקולטה לרפואה הוקמה בעיר חיפה בשנת 1969 על ידי קבוצת רופאים שהבינו את החשיבות של בית ספר לחינוך רפואי ומחקר בצפון ישראל. המחזור הראשון כלל 43 תלמידים שהשלימו את הלימודים הפרה-קליניים שלהם בחוץ לארץ התלמידים התקבלו לפקולטה לתכנית ארבע-שנתית והשלימו את חובותיהם לתואר דוקטור לרפואה (M.D.) לאחר שנתיים של לימודים פרה-קליניים ושנתיים נוספות של הכשרה קלינית בבתי חולים בארץ.
ב3 בינואר, 1971, הסנט של הטכניון אישר את הצטרפות בית הספר לרפואה, שהיה בתוקף החל מה1 באוקטובר, 1973. החוזקות האקדמיות של הטכניון איפשרו לפקולטה לרפואה להתרחב ולפתח תכנית לימודים פרה-קלינית וקלינית לתכנית רפואה שש-שנתית. המחזור הראשון החל את לימודיו בשנת 1973.
הגידול של הפקולטה לרפואה דרש מעון מודרני שיאפשר מחקר מתקדם. מר ברוך רפפורט זכרו לברכה (1922-2010) ואשתו, גב׳ רות רפפורט זכרה לברכה (1924-2018), אנשים בעלי חזון ופילנטרופים, נתנו את התמיכה המהותית שאפשרה בשנת 1974 להניח את אבן הפינה לבנין מודרני ורחב מימדים. חמש שנים לאחר מכן, באוקטובר 30, 1979, בנין הפקולטה לרפואה להוראה ומחקר נחנך. בשנת 1991, כהכרה בתמיכה של משפחת רפפורט לאורך השנים לפקולטה לרפואה, נקראה הפקולטה על שמם, הפקולטה לרפואה ע״ש רות ברוך רפפורט.
הפקולטה לרפואה ע״ש רות וברוך רפפורט התרחבה באופן עקבי מאז הקמתה בשנת 1969. תכניות לימודים ומחקר חדשות נוצרו, ומספר התלמידים בכל מחזור, וחברי סגל חדשים נוספו. מאז סיום המחזור הראשון בשנת 1974, יותר מ2500 תארי דוקטור לרפואה ניתנו בה. הפקולטה גם כוללת תכנית לתלמידי מחקר, ובוגריה בתארים מגיסטר ודוקטור לפילוסופיה לוקחים חלק במחקר מדעי בסיס ותרגומי בתחום מדעי הרפואה וההנדסה הביו-רפואית. הפקולטה גאה על שני חברי הסגל זוכי פרס הנובל לשנת 2004 בכימיה, פרופ׳ מחקר אברהם הרשקו ופרופ׳ מחקר אהרון צ׳חנובר, שנודעו בעולם וזכו בהכרה על הישגם המדעי בשיתוף עם פרופ׳ אירוין רוז מהמהכון לחקר הסרטן בפילדלפיה, בזיהוי מערכת האוביקווטין, המשמשת לזיהוי חלבוני התא המיועדים לפירוק. תובנות אלה הביאו לפריצות דרך בחקר הסרטן, מחלות ניווניות במוח ומחלות אחרות.